El Museo, sin fines de lucro y al servicio de la comunidad, se encuentra abierto al público desde su fundación el 7 de junio del año 1957.

El patrimonio del museo se encuentra clasificado en colecciones de acuerdo con las siguientes disciplinas: Geología, Paleontología, Arqueología y Antropología. En sus salas se exhiben muestras permanentes y temporarias. A su vez cuenta con una Biblioteca Técnica abierta al público en general, especialmente para docentes y estudiantes de los niveles secundario y universitario. La importancia que reviste la citada Biblioteca radica en el valor científico del material bibliográfico y de investigación en las áreas antes mencionadas.

Las salas de muestras temporarias tienen una dinámica de recambio periódico. El propósito de las mismas es reflejar el acervo cultural y natural de la provincia de Santa Cruz, los que son exhibidos desde una visión científica conforme a las normas actuales adoptadas por el ICOM -Consejo Internacional de Museos-.

Es de suma importancia destacar la participación del Museo Padre Molina en la Protección de los bienes del Patrimonio Cultural y Natural contra el Tráfico Ilícito de Bienes Culturales, dado que en él se resguardan objetos que forman parte de la Identidad Cultural que caracteriza a esta región. La provincia de Santa Cruz cuenta con un riquísimo Patrimonio Arqueológico y Paleontológico, que debe ser resguardado para su estudio y posterior transferencia de conocimiento y que despierta el interés de investigadores de otras partes del país y del mundo.

En el marco de la Ley Provincial Nº 3137 queda terminantemente prohibida la recolección, tenencia y/o venta de bienes arqueológicos y paleontológicos a fin de evitar el saqueo. Por tal motivo, se recomienda a la comunidad que ante el eventual hallazgo de este tipo de objetos, no se los recoja y se dé aviso a la Dirección de Patrimonio Cultural de la Provincia al teléfono 2966-422213 o bien a la sede de Gendarmería Nacional más cercana.

Es imperioso tener en cuenta que la sustracción de estos objetos de su contexto impide el estudio científico por parte de los investigadores habilitados. Estos objetos arqueológicos y paleontológicos desprovistos de la información de su entorno pierden su valor como fuente de estudio. Es tal la importancia de que cada pieza se encuentre en su contexto que en la actualidad la disciplina de la Arqueología ha adoptado una posición menos agresiva en sus excavaciones y búsquedas, limitándose a lo más mínimo el impacto ambiental.